Crédits 5
Responsable Ovidiu Radulescu
 Planning HMBS128
Intervenants O. Radulescu

F. Molina

J. Bonnet

L. Ciandrini

F. Molino

+ encadrants biologistes

Objectifs a. Former les étudiants à la modélisation du fonctionnement, à différentes échelles, des organismes vivants

b. Introduire les grandes classes de modèles, leur construction à partir de données biologiques et leur analyse mathématique

c. Fournir des outils pour une compréhension systématique, au niveau moléculaire, des processus impliquées dans les maladies complexes

d. Introduire les méthodes de la biologie synthétique

Description La biologie des systèmes offre la possibilité d’avoir une vraie compréhension du fonctionnement et des interactions des organismes vivants à différents niveaux de leur organisation.
A échelle subcellulaire, les modèles de la biologie des systèmes intègrent plusieurs niveaux d’interaction provenant du transcriptome, protéome, métabolome.
Les prédictions des modèles in silico peuvent être utilisées en recherche biomédicale des maladies multi-factorielles, en bioingénierie pour synthétiser des génomes avec des propriétés et fonctions optimisées (biologie synthétique), ainsi que pour guider la recherche fondamentale sur les principes du fonctionnement du vivant.Le cours vise à donner aux étudiants des notions avancées en biologie des systèmes, permettant d’aborder un grand nombre de questions biologiques, allant des plus fondamentales telles que l’étude de la complexité et des propriété émergentes des systèmes biologiques vers les plus technologiques telles que la biologie synthétique.Une particularité de cette UE sera l’encadrement en binôme biologiste/modélisateur des certains sujets qui demandent un traitement approfondi de la biologie et des mathématiques.Ce cours  peut être considéré comme une suite de l’UE d’introduction à la biologie des systèmes qui existe déjà en troisième année de licence de biologie à l’Université de Montpellier 2.
Observations Les pré-requis sont :

– Biologie cellulaire et moléculaire

– Génétique

– Méthodes mathématiques en biologie (niveau L1 en équations différentielles, matrices, statistiques)

Les compétences acquises sont :

Modélisation mathématique et informatique du fonctionnement, à différentes échelles, des organismes vivants

– Analyse et discussion critique d’articles scientifiques, mise sous forme de TD ou de devoirs faits à la maison (extraction et analyse d’informations)

– Compréhension moléculaire et systémique de maladies

– Biologie in silico, simulation numérique, utilisation de logiciels de simulation

– Notions de base en biologie synthétique

Modalités de contrôle des connaissances
1ère session Ecrit Oral TD/TP CC
  70%   30%  

2ème session : ecrit